La interfaz principal se compone de los varios paneles (desde la versión del After Effects 7.0). 
 

Tres de los paneles más utilizados son el panel Proyecto, el de Composición y el de Línea de tiempo. 
 

El primero actúa como un contenedor para importar imágenes fijas, video y elementos de material de audio. Los elementos o materiales del panel proyecto se colocan dentro de la línea de tiempo, donde el orden de cada capa y tiempo se pueden ajustar según el editor tenga planificado.
 

Los elementos visibles en el marcador del tiempo actual se muestran en el panel Composición.
 

After Effects comparte muchas características con otros programas de Adobe, como la creación de círculos, cuadrados y figuras de forma libre que se definen por curvas bezier.
 

Al igual que Photoshop e Illustrator, After Effects puede importar y manipular varios formatos de imagen, y los filtros y ajustes se pueden agregar, además se integra con otros productos de software de adobe como Illustrator, Photoshop, Premiere Pro, Encore, Flash y programas 3D de terceros como Cinema 4D.